Soul Eater conta a história dos artesões estudantes de uma Escola Técnica do Shinigami. Cada um tem uma arma diferente que é também o seu parceiro. Todos estudantes e armas vão as aulas e tem dever de casa pra fazer. O dever de casa normalmente consiste em capturar uma certa alma ou manter a paz no Mundo. Cada artesão tenta ajudar da melhor forma possível o seu companheiro e arma, para fazê-lo tornar-se uma "Death Scyte" e para isso a arma deve comer 99 ovos de Kishin e a alma de uma bruxa.